Sarris avgång kom bara några timmar efter att en tremannakommission inlett sitt granskning av krisen och om några oegentligheter begåtts av landets politiska och ekonomiska elit.
– För att underlätta arbetet anser jag det bäst att jag erbjuder mig att avgå, sade Sarris enligt Reuters.
Granskningskommissionen har tillsatts av president Anastasiades, som gett order om att även själv bli undersökt.
Ordörande för bank
Michalis Sarris var finansminister även mellan 2005 och 2008. Redan för två veckor sedan uppgavs att han bett om att få avgå i samband med att han misslyckats med att få hjälp från Ryssland.
Michalis Sarris var tidigare ordförande för Laiki Bank (Cyprus Popular Bank) som ska likvideras.
En ”fullständig” regeringsombildning i Cypern är att vänta inom de närmaste timmarna, rapporterar tidningen Ekathimerini.
Tillträdde i mars
Den nuvarande regeringen tillträdde så sent som i februari efter Nikos Anastasiades seger i presidentvalet.
I går meddelade president Nikos Anastasiades att en tolvpunktsplan för tillväxt förbereds och att regeringsbeslut kan väntas inom två veckor. Presidenten aviserade förslag om att tillåta kasinon och skattelättnader för företag som återinvesterar sina vinster på ön.
Michalis Sarris ska ha motiverat sin avgång bland annat med att han varit ordförande i krisbanken Laiki Bank.