Trafikverket upptäckte problemen vid tvåtiden natten till onsdag. De tror att det kan handla om att IT-systemen har blivit överbelastade.
– Det jag kan säga är att störningen troligen beror på en överbelastning och det ska vi utreda, säger Ulrika Nilsson Lokrantz, presskommunikatör vid Trafikverket.
Haveriet innefattade att det automatiska systemet för att se var tågen befinner sig var utslaget, samt att Trafikverkets hemsida och mejlfunktion låg nere.