Olyckan inträffade vid 15-tiden lokal tid vid Upper West Side när ett tunnelbanetåg med omkring 300 passagerare ombord kolliderade med ett tåg som var taget ur trafik för service, enligt nyhetsbyrån AP.
Passagerartåget uppges i samband med det delvis ha spårat ur vid en spårväxel.
– Det var väldigt läskigt, säger Evelyn Aguilar, 19, som befann sig ombord, till New York daily News.
– Människors tillhörigheter flög genom vagnen. Mitt huvud slog i ett fönster, säger hon.
20-tal personer skadade
Ett omfattande räddningsarbete inleddes och pågick under eftermiddagen och kvällen.
Totalt skadades ett 20-tal personer, varav sju passagerare och en besättningsmedlem fördes till sjukhus.
– Lyckligtvis var det ingen som skadades allvarigt, säger Richard Davey, chef för New Yorks transportmyndighet.
I nuläget finns det ingenting som tyder på att några tekniska fel ligger bakom händelsen, som nu ska utredas.