Socialdemokraterna tillsammans med Centern och Liberalerna har majoritet i nämnden och röstade för bygglovet i sin helhet.
Sverigedemokraterna har sedan tidigare uttalat att man inte vill se någon moské på platsen.
Moderaterna, med stöd av Kristdemokraterna och Miljöpartiet, yrkade för att bevilja bygglov för moské och parkeringsplats, men avslag på att bygga en minaret.
– En av nämndens främsta uppgifter är att ta ställning till den arkitektoniska utformningen av staden och vi har gjort bedömningen att ett torn på den angivna marken skulle avvika otvetydigt från stadsbilden, säger Christer Frey (M), andre vice ordförande i byggnads- och miljöskyddsnämnden i ett uttalande.
Planerna på en moské har funnits i närmare tio års tid. Församlingen köpte marken 2011 och kommunen fastställde detaljplanen där en moské fanns inritad 2013.