Det handlar även om elever som inte vill sitta bredvid andra av motsatt kön.
Det är efter dessa uppgifter från Skolinspektionen som DO nu har valt att utreda skolan. När utredningen är färdig ska DO ta ställning till om eventuell diskriminering eller brister i utredningsskyldigheten har förekommit.
Skolan medger problem
Huvudmannen för skolan har medgett att det finns problem i relationerna mellan flickor och pojkar på skolan och att vissa insatser mot detta har genomförts.
Till exempel har ansvariga uttalat i flera klasser att pojkar och flickor är lika mycket värda och att det inte strider mot Koranen om en flicka inte vill bära slöja, det visar utdrag ur tillsynsprotokollet.
Men det har inte gjorts något främjande eller förebyggande arbete i frågan, medger rektor Monica Söderholm för Skolinspektionen.
Lärare hälsar på män och kvinnor på olika sätt
Rektorn har heller inte reflekterat över att en anställd på skolan vid hälsning gör skillnad på kön och att det skulle sända signaler till elever och föräldrar, visar utdrag ur tillsynsprotokollet.
Diskrimineringsombudsmannen kräver nu svar på flera frågor i ärendet senast den 17 november.
– Vi tycker inte det finns någon grund för de här påståendena och är inte oroliga, säger Monica Söderholm till SVT.