Båten anmäldes saknad natten till fredagen klockan 02.30 när den inte återvände till kajplatsen, uppger flera danska medier. Efter en timmes sökande hittades ubåten seglandes vid Køge bukt.
LÄS MER: Sökpådrag efter skånsk journalist i försvunnen ubåt
Enligt Tv2 Lorry byggdes ubåten UC3 Nautilus som ett hobbyprojekt av ett gäng ubåtsentusiaster med uppfinnaren Peter Madsen i spetsen. Ubåten beskrivs vara världens största hemmabyggda ubåt och ska klara att gå ner till cirka 470 meters djup.
Det är den tredje ubåten som Peter Madsen bygger.