På lördagskvällen attackerades synagogan i Göteborg och på fredagskvällen samlades omkring 200 personer i Malmö och skrek bland annat hot mot judar.
Andreas Hasslert, från organisationen Open Skåne, har varit med i planeringen av mötet vid synagogan.
– De muslimska ledarna vill ge sitt stöd till den judiska församlingen. De menar att vi alla är grannar i den här staden och måste hålla ihop, säger Andreas Hasslert.
Träffen kom till stånd genom Open Skånes medlande arbete mellan judar och muslimer i Malmö.
– Vi vill visa sympati och solidaritet med judarna i Malmö och fördömer all form av rasism och antisemitism i samhället, säger Ala Eddin Al Qut, verksamhetsledare för Ibn Rushd, ett muslimskt studieförbund i Malmö.
Freddy Gellberg, ordförande för judiska församlingen i Malmö, tog emot delegationen i synagogan.
– Det är ett jättebra initiativ. Vi kan ha olika meningar men det är viktigt att vi kan föra ett normalt samtal och prata med varandra, säger han.
Delegationen består av representanter från fem organisationer som under eftermiddagen ska manifestera mot den amerikanske presidenten Donald Trumps beslut att erkänna Jerusalem som Israels huvudstad.
– Vi har gjort det klart och tydligt vad som gäller under manifestation på olika språk och hoppas att det ska bli en lugn manifestation, säger Ala Eddin Al Qut.