Enligt svenska åklagare befann sig Krayem på platsen och deltog i avrättningen, ”tillsammans och i samförstånd” med andra.
Belgiska medier har tidigare rapporterat att svensken erkänt att han var på plats, men då sagt att det inte var han som tände på.
Förnekar brott mot piloten
Under tisdagens häktningsförhandling i Stockholms tingsrätt uppgav Krayems advokat Petra Eklund att han förnekar misstankarna om grov krigsförbrytelse och terroristbrott.
– Vi bestrider yrkandet att han ska häktas, sade Eklund i rätten.
Lång rättsprocess mot Krayem
Osama Krayem är den första som ställs inför rätta för avrättningen som ägde rum i Syrien 2014.
– Det har varit en lång rättsprocess när det gäller Osama Krayem, konstaterar terroristforskaren Magnus Ranstorp.
Den svenske terroristen dömdes först till 30 års fängelse i Frankrike för terrorbrott och därefter till livstids fängelse i Belgien.