Det är andra gången flaggorna stjäls sedan flaggorna satte upp i början av veckan. Första stölden skedde i tisdags och då sattes flaggorna upp igen.
Därefter hade ett vaktbolag getts ansvaret att hala ner flaggorna på kvällen och hala upp dem på morgonen, men det gjordes inte.
– Det har blivit någon form av missförstånd, säger Henri Pagot, på Södertälje kommuns kommunikationsavdelning.
Förebygga sabotage
Åtgärden vidtogs för att stölden inte skulle upprepas, så som nu ha skett.
– Vi gjorde så för att förebygga möjligheten att någon skulle sabotera, säger Henri Pagot.
Nya flaggor har nu satts upp vid stadshuset och inatt ska vaktbolaget hålla koll på dem.
Båda stölderna har polisanmälts.