Larmet kom till polisen kl 11.37.
– Det var en person på tåget som ska ha sett ett misstänkt farligt föremål, säger Angelica Israelsson Silfver, polisens presstalesperson.
Tåget utrymdes och platsen spärrades av. Passagerarna har klivit på ersättningsbussar och lämnat platsen.
Inga fynd gjordes
Vid 14-tiden anlände nationella bombskyddet för att undersöka det misstänkta föremålet. Men strax innan klockan 15 meddelade polisen på sin hemsida att bombskyddet sökt av tåget, utan att några fynd gjorts. Avspärrningarna har nu hävts.
Det är oklart vilket föremål som orsakade polisinsatsen. Polisen använde sig bland annat av drönare och spärrade av ett stort område runt stationen.
– De hittade inte det misstänkta föremålet men utredningen kommer att fortsätta, säger Dennis Johansson Strömberg, polisens presstalesperson.
Två män anhållna
Händelsen rubriceras som försök till allmänfarlig ödeläggelse. Klockan 15.07 greps en man i 40-årsåldern av polisen. Vid 18-tiden fattade jourhavande åklagare beslut om att han ska anhållas. Han är på sannolika skäl misstänkt för försök till allmänfarlig ödeläggelse.
– Den här personen kopplas ihop till det misstänkta föremålet, säger Dennis Johansson Strömberg, polisens presstalesperson.
Han vill dock inte säga hur och var gripandet gick till.
– Vi kommer att förhöra honom och fortsätta att samla in vittnesuppgifter, säger Dennis Johansson Strömberg.
Vid 21-tiden greps ytterligare en man, i 30-årsåldern. Han är också misstänkt för försök till allmänfarlig ödeläggelse, dock skäligen, den lägre misstankegraden.
Båda männen anhölls under torsdagskvällen, båda på sannolika skäl misstänkta för försök till allmänfarlig ödeläggelse, det vill säga den högre misstankegraden.
All tågtrafik stod still
Vid 15.30 var tågtrafiken igång igen efter att ha stått helt stilla mellan Mölnbo och Gnesta sedan klockan 11.45.
Elsa Alm, 20, satt på ett tåg mellan Göteborg och Stockholm när beskedet kom i högtalarna att ett tåg i Gnesta var bombhotat.
– Vi fick stanna i Stjärnhov och vända tillbaka till Flen, säger hon.
När SVT Nyheter får tag på henne rullar tåget igen, om än rejält försenat.
– Men stämningen har ändå varit god, alla började typ skratta lite uppgivet när beskedet kom, säger Elsa Alm.
Tågstoppet påverkade tågtrafiken på sträckorna Stockholm C – Norrköping/Nässjö/Malmö, Stockholm C – Katrineholm/Hallsberg/Karlstad/Göteborg samt SL:s pendeltåg Södertälje Centrum – Gnesta.