En stund efter klockan 01 larmade en förbipasserande att en cirka 10 meter lång båt brann intill kajen.
– Vi jobbar just nu med att försöka släcka branden och förhindra båten från att sjunka, säger Josefin Lindblom vid Räddningscentral Mitt.
Hon tillägger att inga personer är skadade, men att båten har fått slagsida.
– Så vi kan inte spola på hur mycket vatten som helst.
Det rådde ingen spridningsrisk till andra båtar.
Vid 04 på morgonen avslutades räddningsinsatsen och under dagen kommer Stockholm hamnar ta över hanteringen av båten.
Polisen har upprättat en anmälan om mordbrand och tekniker kommer undersöka båten nu på morgonen.