Händelsen inträffade i samband med en kontroll vid en väg i Grimsta då polisen ska ha utsatts för vapenhot och då skjutit mot mannen.
– Jag vill inte gå in på vilket typ av vapen som polisen blev hotade med då det råder förundersökningssekretess. Jag kan heller inte säga hur många skott som avlossades, säger polisens presstalesperson Åsa Wallentin på söndagsmorgonen.
Mannen fördes till sjukhus med ambulans och avled där av sina skador.
Händelsen utreds som grovt hot mot tjänsteman och grovt vapenbrott.
Samtidigt har chefsåklagare Maria Sterup vid särskilda åklagarkammaren inlett en förundersökning om misstänkt tjänstefel av polisen, vilket är kutym. Hon vill inte kommentera ärendet i nuläget.
Den tekniska undersökningen på platsen är klar vid 08-tiden på söndagsmorgonen.
Anhöriga till mannen i 60-årsåldern är underrättade.