Tidigare under kvällen kastades även en molotovcoctail mot en buss, och flera bränder ska ha anlagts.
– Vi har upprättat en polisanmälan om våldsamt upplopp, säger Christer Nordström, polisen Uppsala.
Ungdomsgänget hade enligt polisen bunkrat upp med sten på olika ställen i området och förberett sig på att attackera polis och ambulanspersonal.
– Det är tråkigt att det ska behöva ske, säger Christer Nordström.
Ingen polis eller ambulanspersonal ska ha kommit till skada vid upploppet.