Förseningarna kommer att vara minst fram till onsdagsmorgonen och kanske längre.
-Rälsen ska röntgas under natten och innan vi fått resultatet kommer trafiken vara stängd på ena spåret, säger Katarina Wolffram, informatör på Trafikverket.
På det spår som är öppet går bara godståg medan snabbtågen till Stockholm dirigeras om via Borås och Öxnered vilket innebär förseningar med omkring en timme.
Samtliga regionaltåg från Göteborg mot Vårgårda och Herrljunga har ställts in och ersätts nu med buss liksom pendeltågen mellan Göteborg och Alingsås.
Felet upptäcktes när ett svetsarbete skulle göras och det visade sig att en bit av rälsen inte var i acceptabelt skick.
-Det beslöts då att hela sträckan mellan Göteborg och Alingsås måste kontrolleras för att utreda omfattningen av felet, säger Katarina Wolffram.