Sao Luis sattes på tisdagen som första stad i karantän. På fredag sker samma sak för Fortaleza. Man får bara lämna sina hem av hälsoskäl eller för att köpa mat. De nya reglerna ska i ett första steg gälla till den 14 maj.
Brasiliens president Jair Bolsonaro, som under hela coronapandemin tonat ner riskerna, är dock kritisk.
– Förstörelsen av jobb av en del guvernörer är ansvarslöst och oacceptabelt, säger han.
7 921 personer i Brasilien har avlidit efter att ha smittats med covid-19.