I bland annat al-Bireh och Hebron på Västbanken ropade tusentals demonstranter att Jerusalem är den palestinska statens huvudstad. En del kastade sten mot soldaterna och enligt palestinska sjukvårdskällor träffades tjugo personer av gummikulor och fyra personer sköts med skarp ammunition.
Den israeliska militären säger att den agerat mot pågående upplopp med hundratals stenkastare.
I Gazaremsan samlades demonstranter intill gränsstaketet och kastade sten på soldater på andra sidan. Där träffades sju demonstranter av skarp ammunition, tillståndet för en av dem är kritiskt, enligt palestinska sjukvårdskällor.
Palestinska organisationer har utlyst en generalstrejk på torsdagen i protest mot USA:s beslut.