Totalt har 524 fall av våldtäkter och övergrepp rapporterats av flickor och pojkar från ursprungsbefolkningen Awajun.
Brotten, som uppges ha skett på skolor i regionen Condorcanqui, ska ha pågått sedan 2010 och avslöjades i maj av Rosemary Pioc, representant för Awajuns kvinnoförening.
– Vi måste undersöka fakta och vi kommer att stötta offren. Vi avvisar alla former av sexuella övergrepp, säger regeringens talesperson Alberto Adrianzen till reportrar.
Tillkännagivandet av regeringens utredning kom efter att två ministrar väckt stor ilska genom att likställa de påstådda övergreppen med ”kulturella sedvänjor”.
– Att säga att detta är kulturella sedvänjor är att stödja dessa handlingar. Våldtäkt är inte praxis i vårt samhälle, säger Rosemary Pioc till lokalradion.
Perus människorättsombudsman krävde på måndagen att lärare som pekats ut omedelbart skulle stängas av från de skolor de undervisar vid.