Fyndet gjordes nyligen i en källare och uppges ha ett gatuvärde på en miljard dollar, drygt 10 miljarder kr.
Kokainet krossades och blandades med cement och sand för att det inte skulle kunna användas.
Ecuador har blivit ett globalt nav för kokainhandel, vilket har ökat kriminaliteten och gängkrigen i landet dramatiskt.