Enligt AFP har nederbörden nu börjat avta men 26 personer saknas fortfarande.
Översvämningarna har främst drabbat de södra delarna av Filippinerna och majoriteten av de som tvingats evakuera är bosatta i staden Gingoog på ön Mindanao.
– Vi behöver mat. Vårt hus och våra djur har förts bort av vattenmassorna, ingenting finns kvar, säger Mindanao-bon Estela Talaruc till lokalradiostationen DZRH.
Oväder som dessa är inte ovanliga i regionen. Filippinerna består av över 7 600 öar och drabbas av runt 20 tropiska stormar årligen.
Se vattenmassorna forsa fram i klippet.