I rapporten som släpps idag listar Amnesty exempel på Israels förtryck och dominans av palestinier.
Enligt Amnesty lägger Israel beslag på palestiniernas land och egendom, genomför utomrättsliga dödande och tvångsförflyttningar.
Palestinier i Israel, med israeliskt medborgarskap, möter många former av institutionaliserad diskriminering, enligt Amnesty.
Palestinska flyktingar förnekas rätten att återvända.
– Vi har sett hur Israels grymma politik av segregation, fördrivning och uteslutning tydligt rör sig om apartheid, säger Agnés Callamard, Amnestys generalsekreterare.
”Israel förkastar Amnestyrapporten”
Igår uppmanade Israel Amnesty att inte släppa rapporten. Enligt Israel är rapporten falsk, partisk och antisemitisk.
Israels utrikesminister Yair Lapid publicerade igår ett videouttalande där han säger att Amnesty inte längre är en människorättsorganisation utan en radikal organisation som bara för vidare samma propaganda och lögner som terrororganisationer.
– Israel är inte perfekt men vi är en demokrati som följer internationell rätt, är öppna för kritik med en fri press och starkt oberoende rättssystem, säger utrikesminister Yair Lapid.
Internationella brottsmålsdomstolen i Haag, ICC, utreder just nu misstänkta krigsbrott på ockuperade Västbanken och i Gaza. Amnesty uppmanar ICC att överväga att inkludera apartheidbrott i utredningen.
– Israel måste upphöra med apartheidsystemet och börja behandla palestinier som människor med lika rättigheter och värdighet, säger Agnés Callamard, Amnestys generalsekreterare.