Bland de som flydde hade 17 redan testats negativt för sjukdomen. Tre patienter har återvänt till kliniken medan personalen försöker komma i kontakt med de övriga, säger talespersonen Jessica Llunga enligt TT.
Också den statliga byggnad från vilken åtgärderna mot ebola samordnas attackerades innan FN:s fredsbevarande styrkor drev tillbaka demonstranterna.
Polisen svarade med tårgas, och skottlossning har hörts i timmar. Det är oklart om någon skadats.
Beni har drabbats hårt av epidemin, som har dödat mer än 300 personer sedan augusti.
Stora demonstrationer
Också i provinshuvudstaden Goma satte demonstranter upp barrikader vid universitetet. Hundratals människor har gripits.
Demonstranterna protesterar mot att presidentvalet, nu planerat till söndag 30 december, skjuts upp ytterligare i de oroliga städerna Beni och Butembo samt i Yumbi-området i väst. Motivet till att skjuta upp valet är en pågående ebolaepidemi och våld från miliser.
Flera oppositionspartier anklagar valmyndigheten för att försöka rigga valet.
Slänger ut ambassadör
Under torsdagen meddelade landets utrikesdepartement oväntat att EU-ambassadören Bart Ouvry fick 48 timmar på sig att lämna landet.
Kongo-Kinshasas regering har länge kritiserat EU:s beslut att förnya sanktioner mot flera kongolesiska tjänstemän. Man menar att dessa påverkar valprocessen i landet.
En av de som påverkas av sanktionerna är före detta inrikesminister Emmanuel Ramazani Shadary, som ställer upp i presidentvalet. Anledningen till sanktionerna mot honom är att han anses ha brutit mot mänskliga rättigheter.