Marawi på Mindanao, i södra delarna av öriket, är landets största muslimskt dominerade stad.
Attentatet skedde under pågående mässa i en lokal på Mindanaouniversitetets område, enligt den regionala polischefen Allan Nobleza.
– Vi håller på att utreda om det var en hemgjord bomb som exploderade eller om det var en handgranat som kastades in, säger Nobleza.
Ledningen för universitet fördömer dådet och uttalar fullt stöd för den kristna befolkningen i staden och alla som berörs av dådet.
Dådet följer på en händelse i veckan där den filippinska militären med en flygräd slog till mot och dödade elva, enligt militären, islamister i en organisation med namnet Dawlah-Islamiyah i Mindanao. Polischefen uppger att man undersöker om det finns något samband mellan räden och bombdådet.