Lokala medier skriver att vittnen berättar om någon form av hög smäll som hörts ombord på fredagsmorgonen. Larmet om branden kom strax efter klockan 09.
Det 73 meter långa tyskflaggade tankfartyget Annika är ett så kallat bunkerfartyg som förser andra fartyg med bränsle, och uppges ha cirka 640 ton olja ombord. Fartyget ligger nu ankrat i Mecklenburgbukten mellan Warnemünde och Kühlungsborn i norra Tyskland.
Släckningsarbetet har pågått under hela dagen. Vid 15-tiden rapporterade tyska medier att branden i stort sett var under kontroll, och fartyget bogseras till hamnen i Rostock där släckningsarbetet ska slutföras.
Det finns enligt tyska myndigheter inga rapporter om att någon olja på grund av branden ska ha läckt ut i havet.