Den före detta presidenten och 36 andra personer är anklagade för att ha försökt hålla kvar Bolsonaro vid makten efter hans valförlust 2022.
Även före detta justitieministern och före detta försvarsministern finns bland de anklagade.
– Det här är en jätteutredning som man har arbetat med under en lång tid, säger SVT:s korrespondent Tigran Feiler.
Ärendet lämnas nu över till Brasiliens högsta domstol och riksåklagare som antingen kommer ställa Bolsonaro inför rätta eller lägga ner utredningen.
Stormning och mordplaner mot da Silva
Misstankarna handlar bland annat om stormningen av myndighetsbyggnader i Brasilia 2023 men också försök att giftmörda den då nyvalda presidenten Lula da Silva i december 2022.
Dessutom ska det även ha funnit mordplaner mot den tillträdande vicepresidenten Geraldo Ackmin och en domare i Brasiliens Högsta domstol, Alexandre de Moraes.
Polisens utredning visar, enligt CNN Brasil, att Bolsonaro ska ha känt till planerna på mordförsöket. Han var i USA när stormningen i huvudstaden ägde rum men anklagas ändå för att vara anstiftare.
Bolsonaro själv har förnekat inblandning.
”Osvuret är bäst i Brasilien”
Jair Bolsonaro ställning har försvagats sedan han förlorade presidentposten. Donald Trumps valvinst i USA har dock väckt nytt hopp hos Bolsonaro om att han ska kunna återta makten, berättar Tigran Feiler.
– Han sa i en tidningsintervju att ”alls som händer i USA händer två år senare i Brasilien”.
Det mesta tyder dock på att Bolsonaro är borta från den högsta scenen, enligt Feiler, även om ”osvuret är bäst i Brasilien”.
– Vi ska inte glömma bort att den nuvarande presidenten, Lula da Silva, satt i fängelse dömd för korruption. Han var helt bortskriven från storpolitiken men den domen revs upp.