Regeringskritikerna bröt sig genom ett säkerhetsstaket som bevakades av federal militär polis och klättrade upp på nationalkongressens tak i huvudstaden Brasilia.
Demonstranterna tog sig sedan in i kongressen och den högsta domstolen. Bilder i sociala medier visar hur de tände eld på föremål, vandaliserade möbler och åkte rutschkana i plenisalen. De bröt sig även in i presidentpalatset.
I ett försök att skingra upploppsmakarna sköt militärpolis gummikulor och chockgranater från helikoptrar, skriver tidningen O Globo.
Efter drygt fyra timmar hade polis och säkerhetsstyrkor återtagit kontrollen över samtliga tre regeringsbyggnader, rapporterar CNN Brasil. Runt 150 personer har gripits i samband med upploppen, rapporterar The Guardian med hänvisning till lokala medier.
”Kommer att straffas”
President Luís Inácio ”Lula” da Silva kallar de som stormat kongressen för ”fanatiker” och ”fascister”.
– Alla som deltar i stormningen kommer att hittas och straffas. Vi ska ta reda på deras finansiärer, de kommer att straffas med lagens fulla kraft, säger han.
Även Rodrigo Pacheco, ordförande för senaten och nationalkongressen, fördömer händelsen.
Brasiliens justitieminister Flavio Dino skriver på Twitter att det är ett ”absurt försök att med våld försöka få sin vilja igenom som inte kommer att fungera.”
Spärrades av redan under lördagen
Stormningen skedde en vecka efter att da Silva svurits in som ny president.
Bolsonaros anhängare har tidigare protesterat mot den nye presidenten Lula da Silvas valseger genom att blockera vägar, antända fordon och samlats utanför militära byggnader och bett väpnade styrkor att ingripa.
Expresidenten har bland annat ifrågasatt trovärdigheten i det elektroniska röstningssystemet. Området kring kongressen spärrades av redan på lördagen, enligt CNN. Lokala medier har rapporterat att ett hundratal busslaster med anhängare till Bolsonare ska ha slussats till huvudstaden under helgen.
President da Silva är för närvarande på en officiell resa i deltstaten Sao Paulo, rapporterar Reuters.
Bolsonaro befinner sig inte i Brasilien och har ännu inte kommenterat händelsen.