– Hela familjer har svepts bort, sade inrikesminister Manuel Roxas efter en rundresa i katastrofområdet.
I kuststäderna i Davao Orientalprovinsen på den ostliga ön Mindanao har tusentals hus slitits sönder och kroppar täcker marken.
– Vi måste skynda ut till de här områdena med liksäckar, mediciner, torra kläder och mest av allt tält för överlevarna lever under bar himmel sedan tyfonen blåste bort deras hem och hustak, sade ministern för social välfärd, Corazon Soliman.
Jordskred och vattenmassor har isolerat delar av befolkningen och räddningsarbetare kämpar med såväl tyngre utrustning som enkla motorsågar och sina bara händer för att nå fram till de nödställda. Också uppe i bergen längre in på ön är situationen svår.
– Kroppar har lämnats liggande ute på backen i New Bataan och vi vill inte riskera att det börjar spridas sjukdomar, sade Soliman.
Under ett tal i Manila sade president Benigno Aquino att han hoppades att landet lärt sig från tidigare katastrofer.
I december 2011 dödades över tusen människor när den tropiska stormen Washi drog fram över Filippinerna.
Bopha väntas röra sig vidare över sydkinesiska havet under torsdagen.