Den administrativa domstolen fällde sin dom i början av juni, då protesterna nådde sin kulmen. Varför domen inte har offentliggjorts i detalj tidigare framgick inte på onsdagen.
Planen på ombyggnad av torget strider enligt domstolen mot bevaranderegler och andra bestämmelser, liksom mot torgets identitet, enligt en advokat som företräder dem som klagat på bygget.
Premiärminister Recep Tayyip Erdogan har velat bygga om torget trots de massiva protesterna, men han deklarerade den 14 juni att han väntar ut en domstolsprövning. Myndigheterna väntas driva detaljplanen vidare till nästa instans.
Protesterna började fredligt i Istanbul den 28 maj. De riktade sig mot exploateringen av Gezi-parken vid Taksimtorget, men växte och riktades mot premiärminister Recep Tayyip Erdogan och hans regering.
Kritikerna har motsatt sig kommersialiseringen i den snabba ekonomiska utvecklingens spår och anklagat Erdogan för att vara makthungrig.
Premiärministern har emellertid stort folkligt stöd. Opinionsundersökningar har även under den tid som protesterna pågått visat att hans parti AKP skulle vinna om det hölls val.