Enligt försvarsdepartementet var det tre drönare som avfyrades mot anläggningen. Två av dem ska ha skjutits ned av landets luftvärn.
– Som tur är misslyckades denna attack och orsakade inte några förluster av liv men orsakade mindre skador på ett tak, säger försvarsdepartementet i ett uttalande enligt den statliga nyhetsbyrån IRNA.
Försvarsdepartementet har inte uppgett vem som misstänks ligga bakom drönarattacken.
Man har inte heller lämnat några ytterligare upplysningar om den anläggning som besköts. Försvarsdepartementet har endast sagt att det är en tillverkningsanläggning men inte berättat vad som tillverkas där.
I Isfahan, som ligger omkring 35 mil söder om Teheran, finns bland annat en flygbas samt kärnbränsleforskning och produktion.