Beskedet kommer inför ett besök av USA:s utrikesminister Antony Blinken.
– På Ecuadors gator finns endast en fiende: droghandeln, förklarade högerledaren vidare.
Undantagstillståndet kommer efter att en våldsvåg dragit fram genom landets överfulla fängelser. I det senaste blodiga upploppet miste 119 fångar livet.
Våldet har tilltagit dramatiskt i Ecuador de senaste månaderna. Hittills i år har landet registrerat nästan 1 900 mord, vilket är 35 procent fler än under hela förra året, enligt myndigheterna.
Undantagstillståndet gäller i 60 dagar och möjliggör för regeringen att mobilisera 3 600 soldater och poliser, som är tänkta att patrullera på gatorna och i 65 fängelser över hela landet.