Hans rival, vänsterkandidaten Luisa González, vill dock se en omräkning av rösterna och beskriver resultatet som ett ”groteskt” valfusk.
När över 90 procent av rösterna var räknade hade Noboa 55,8 procent mot González 44 procent, enligt valmyndigheten. Ecuadors högsta valauktoritet, Diana Atamaint, sade på nationell tv att siffrorna visade en ”oåterkallelig trend” till förmån för Noboa.
Valrörelsen har präglats av en våldsspiral där stora narkotikakarteller vill kontrollera smuggelvägar genom Ecuador. Under sin tid vid makten har 37-åriga Daniel Noboa utlyst undantagstillstånd och placerat militärer på gatorna.