Det litauiska beslutet, som bland annat omfattar leveranser av stål, kol och byggmaterial till den ryska exklaven, ska träda i kraft på lördag.
Enligt landets myndigheter följer man bara EU:s sanktionsregler mot Ryssland. Enligt Gabrielius Landsbergis, Litauens utrikesminister, har man stämt av beslutet med EU-kommissionen.
Kaliningrad ligger inklämt mellan Polen och Litauen vid Östersjön och är därför beroende av import. Enligt regionens ryska guvernör Anton Alikhanov påverkar Litauens beslut uppemot 50 procent av alla varor som den ryska exklaven idag importerar via Litauen, skriver Reuters.
Han säger samtidigt att det går att komma runt problemet med hjälp av transporter från havet.
Ryssland utlovar motåtgärder
Rysslands regering har reagerat kraftigt mot beslutet som de kallar både olagligt och öppet fientligt.
– Situationen är bortom allvarlig. Beslutet är utan motsvarighet. Det är ett brott mot allt, säger Kremls talesperson Dmitrij Peskov vid en pressträff.
Ryska utrikesdepartementet har kallat till sig både Litauens högsta sändebud och EU:s ambassadör.
”Om varutransporterna mellan Kaliningrad och resten av den ryska federationen via Litauen inte återställs helt inom en nära framtid tar sig Ryssland rätten att vidta åtgärder för att försvara sina nationella intressen.” skriver utrikesdepartementet i ett uttalande, enligt Reuters.