Bilder från den grekiska huvudstaden visar övergivna fordon stående i djupa vattensamlingar och flyende invånare. Grekiska myndigheter har uppmanat boende i de drabbade områdena att hålla sig borta från gatorna.
Flera boskapsdjur ska även ha drunknat på ön Korfu där jordskred orsakade av ovädret även blockerat vägarna, skriver Reuters.
Helikoptrar ska ha satts in för att evakuera boende på ön. Också ön Evia som härjades av kraftiga skogsbränder i somras har drabbats svårt av regnet.
Under lördagen väntas regnen att avta, skriver AP.
Se bilder från översvämningarna i klippet ovan.