Cihan Sultanoglu från UNDP sade vid ett möte i FN-högkvarteret i New York att över 75.000 bostäder är skadade och upp till 2.000 totalförstörda. Innan vintern kommer måste människor ha tak över huvudet. Ett annat prioriterat område är att reparera skolor inför skolstarten.
Stora insatser behövs också för att röja undan minor som flyttats av vattenmassorna.
Minst 77 människor dödades i Serbien, Kroatien och Bosnien i skyfallen som drabbade regionen i mitten av maj och ledde till de värsta översvämningarna på mer än 100 år.