Fallet gäller det beslut som EU:s migrationsministrar tog mitt under hösten 2015 om att omfördela upp till 160 000 asylsökande som anlänt till Grekland och Italien.
Ungern och Slovakien har dock överklagat beslutet och anser att frågan i stället borde ha avgjorts i enhällighet av ländernas stats- och regeringschefer.
Men EU-domstolen håller som väntat inte med om det.
”Mekanismen bidrar i själva verket till att Grekland och Italien ska kunna hantera följderna av migrationskrisen 2015 och är proportionell”, skriver domstolen i ett uttalande, enligt Reuters.
LÄS MER: EU-länder drev igenom flyktingfördelning
Hyllas av människorättsorganisation
Motståndet och den juridiska osäkerheten har bidragit till att planerna hittills bara kunnat uppfyllas till en knapp tredjedel. Fortfarande är det bara Malta samt Efta-länderna Norge och Liechtenstein som uppfyllt sina kvoter.
Sverige – som inledningsvis fick anstånd med anledning av det hårda trycket på hemmaplan – har hittills tagit emot drygt hälften av sin kvot på knappt 4 000 personer.
Människorättsorganisationen Amnesty International hyllar EU-domstolens besked.
”Dagens utslag visar att inget land kan gömma sig undan sitt ansvar för flyktingar. Medlemsländerna måste visa solidaritet med varandra och de asylsökande”, säger Amnestys EU-chef, Iverna McGowan, i ett uttalande.
Vill fördubbla antalet kvotflyktingar
– Vi har väntat på det här för att få nytt liv i samtalen om reformen av EU:s asylsystem, sade en EU-diplomat till Reuters redan inför dagens utslag.
Kommissionen väntas i dag samtidigt även föreslå att EU-ländernas gemensamma program för att ta emot kvotflyktingar, direkt från flyktingläger utanför EU, ska fördubblas till 40 000 personer.
LÄS MER: Ungern folkomröstar mot EU-plan