Larmet kom klockan 03.17. Stationen är tom nattetid, och inga personskador uppstod, säger polisvakthavande Hans Brix enligt Ekstrabladet.
Flera vittnen berättar för nyhetsbyrån Ritzau om omfattande skador på byggnaden och bilder på sociala medier visar bland annat krossade fönsterrutor. Det är dock fortfarande oklart exakt vad som inträffat.
Söker man i mörka kläder
Polisen efterlyser en man i mörka kläder som ska ha setts springa från platsen kort efter explosionen.
Det är andra gången denna vecka en myndighetsfastighet i den danska huvudstaden drabbas. En liknande smäll i Nordhavn tidigare i veckan visade sig vara en attack utförd med militära sprängmedel.