Över fyra miljoner människor befinner sig i områden som är i farozonen och tusentals har evakuerats efter varningar om upp till sex meter höga stormfloder.
– Vi är riktigt rädda. De säger att det är så kraftigt, vi vågade inte stanna, säger Delaila Pasion, som har lämnat sitt hem, till nyhetsbyrån AFP.
I staden Tuguegarao har nästan alla byggnader skadats och enligt nyhetsbyrån AFP uppger filippinska myndigheter att två räddningsarbetare som försökt hjälp människor som suttit fast har dött.
Antalet som har kommit är oklart, men åtminstone bekräftade dödsfall är nu uppe i minst 30 stycken, även om siffran befaras stiga efter många av de drabbade områdena inte har fått kontakt med omvärlden än. Somliga källor talar om 50-tal döda.
Barn utsatta
Unicef har nåtts av besked att skolor i drabbade områden förstörts av ovädret. För Dagens Nyheter uppger organisationen att de har skoltält och material till lärare redo för att undervisningen av barnen snabbt ska komma igång igen.
Unicef säger också att det nu är viktigt för barnens skull att att få rent vatten till de drabbade områdena.
– Många barn riskerar att få diarréer och kan bli så svaga att de kan dö, säger Lotta Sylwander, chef för Unicef i Filippinerna, till Dagens Nyheter.
Myndigheter: Bättre rustade än tidigare
Filippinerna brukar drabbas av oväder och myndigheter i landet säger sig ha varit bättre förberedda än tidigare år. Ett dussintal provinser förvarnades, skolor stängdes och flyg- och båtresor förbjöds. Den filippinska armén stod också redo att hjälpa till.
Meteorologiska världsorganisationen kallar Mangkhut för det kraftigaste tropiska ovädret än så länge i år.
Ovädret väntas nå Hongkong på söndag eftermiddag. Där uppmanar myndigheter allmänheten att hålla sig inomhus.