Avtalet undertecknades i Kenyas huvudstad Nairobi under överseende av den kenyanske presidenten Uhuru Kenyatta, berättar regeringens talesperson på Twitter på torsdagen.
Den 5 november utropade regeringsstyrkorna seger över rebellerna efter en dryg veckas intensiv insats med understöd från en särskild FN-styrka.
Segern innebar slutet på en över 1,5 år lång konflikt, den senaste i raden av flera som under ett par årtionden särskilt drabbat befolkningen i östra Kongo.
Fem miljoner människor tros ha dött till följd av våld, hunger och sjukdomar i regionen sedan krig bröt ut 1998.
Bara sedan M23 inledde sin väpnade kamp i april förra året har 800 000 människor flytt sina hem, enligt BBC.