Mjukvaran, som kallas Greyball, har gjort det möjligt för förare att undvika att bli upptäckta av transportmyndigheter, genom att kontrollanter från myndigheterna har kunnat identifieras och nekas att resa.
Brottsutredningen är just inledd, uppger en källa till The Washington Post.
Pinsamma avslöjanden
Justitiedepartementets utredning är det senaste bakslaget för företaget, som tidigare har skakats av flera pinsamma avslöjanden om en sexistisk och hård företagskultur, och en stämning där Googles moderbolag Alphabet anklagar Uber för att ha stulit teknik.
LÄS MER: Slutkört för Uber i Danmark
Det är inte första gången som mjukvaran Greyball förekommer i samband med Uber.
I mars tidigare i år avslöjade New York Times att Uber använde sig av Greyball för att förhindra kontroller från myndigheter, företaget bestämde då att inga förare skulle använda sig av mjukvaran.
Har själva erkänt
Uber har själva erkänt att de har använt sig av mjukvaran Greyball för att hjälpa förare att identifiera myndigheter och på så vis undvika dem.
Bland annat i Portland, Oregon i USA där det uppmärksammade företaget inte fått tillåtelse att bedriva taxiverksamhet ännu.
LÄS MER: 60 Uberförare dömda för svartkörning
Vad är Uber?
- En taxitjänst där både beställning och betalning sker via en app
- Startade i San Fransisco 2009 och finns nu i nästan 70 länder
- Finns i fem svenska städer sedan 2013
- Finns fyra varianter, varav tre kräver taxilicens
- UberPOP är varianten som inte kräver licens, i Sverige lades UberPOP ner 2016 efter att en förare dömts för olaga taxitrafik och brott mot taxilagen
- Minimipriset för en UberPOP i Sverige var 40 kr för en resa