Spårtrafikoperatören MTR sade att flera linjer hade påverkats och uppmanade resenärer att söka alternativ transport.
Demonstranterna blockerade ingångar till pendeltåg och tvingade morgonpendlare att ta sig ut ur stationerna.
– Vi vet inte hur länge vi kommer att stanna här, vi har inte någon ledare, som ni kan se så är det här en massrörelse nu, säger en 21-årig maskerad kvinna vid namn Sharon som deltog vid protesterna.
– Det är inte vår avsikt att störa folk, men vi måste få myndigheterna att förstå varför vi protesterar. Vi kommer att fortsätta med det här så länge som det behövs, fortsätter hon.
Protesterna i Hongkong, som pågått under de senaste sju veckorna, är det största tumult Hongkong skådat sedan den tidigare brittiska kolonin åter föll under kinesiskt styre för 22 år sedan.
De riktades till en början mot en lag som skulle göra det möjligt att utlämna misstänkta brottslingar till Fastlandskina. Förslaget har bordlagts, men kraven och spänningarna har växt till en bredare protest mot Fastlandskinas inflytande i Hongkong.