Med 90 procent av rösterna räknade kunde valmyndigheten i landet slå fast att högerpartiet behåller makten i landet.
Tidigare finansministern Santiago Peña, 44, blir ny president med 42 procent av rösterna.
Han beskrivs som en teknokrat med en framstående akademisk karriär bakom sig, och tjänster på IMF och landets centralbank.
Han lyckades hålla partiet enat trots djupa splittringar till följd av korruptionsanklagelser mot personer i partiets ledarskikt. Andra valfrågor har varit brottsligheten, landets ekonomiska problem och även relationen med Taiwan – Paraguay är ett av 13 länder som valt att ha förbindelser med Taipei framför Peking.
Center-vänsterutmanaren Efraín Alegre, kandidat för oppositionen som samlats under beteckningen Concertación, fick bara 27,5 procent trots att han lett i opinionsundersökningar.
Coloradopartiet, som i princip styrt sedan 1940-talet, satt även vid makten under en brutal militärdiktatur då landet leddes av general Alfredo Stroessner. Det då splittrade partiet valde honom som president.
