Enligt oppositionella källor träffades ett ammunitionslager och ett logistiknav som används av iranska styrkor som är verksamma i landet, liksom militärflygplatsen Nairab.
Syriska armén uppger att flera av robotarna sköts ner och att skadorna endast ska ha varit materiella.
Aleppo, som är landet näst största stad och viktigaste industriella knutpunkt ska ha drabbats av strömavbrott efter attacken.
Nattens attack följde efter en period av starka spänningar mellan Israel och Syrien sedan USA:s president Trump i måndags undertecknade ett dekret som innebär ett godkännande av Israels ockupation av Golanhöjderna.
Israel har inte kommenterat uppgifterna om anfallet.