Flygplan hördes flyga lågt över Beirut tidigt på tisdagen, samtidigt som höga explosioner ekade över staden, rapporterar Reuters och vittnen på plats.
Enligt IDF riktades attacken mot en Hizbollah-medlem som ska ha befunnit sig i en söderliggande förort.
”Terroristen utgjorde ett verkligt och omedelbart hot”, säger militären i ett uttalande.
Andra gången på en vecka
Israel genomförde i fredags de första attackerna mot Beirut sedan en vapenvila inleddes mellan parterna i slutet av november förra året.