Jordbävningen inträffade strax innan halv tolv på förmiddagen (svensk tid) omkring tio kilometer under byn Palekastro, enligt US Geological Survey. Det är andra gången på drygt två veckor som Kreta drabbas av ett större skalv.
Ett antal byggnader har skadats men det finns inga uppgifter om skadade människor, rapporterar BBC.
Skalvets centrum var under havet utanför öns ostkust. Senare ska flera mindre skalv, som tros vara efterskalv, kommit i området.
– Jordbävningen kändes över hela ön, och den orsakade oro eftersom vi fortfarande är drabbade av efterspelet till den förra jordbävningen, säger Kretas tillförordnade guvernör Yiannis Leondarakis till public service-kanalen ERT.
Skalvet ska även ha känts på öarna öster om Kreta, bland annat Karpathos, Kassos och Rhodos.
Den 27 september inträffade en jordbävning med magnituden 5,8 på Kreta. Det skalvet ledde till att en person miste livet och ett 20-tal skadades. Dessutom skadades hundratals byggnader.