Orkanen, som kallas Jongdari, har en vindhastighet på omkring 50 meter per sekund och förväntas röra sig mot den sydligt belägna Chugoku-regionens västra delar.
Chugoku drabbades tidigare i juli av svåra översvämningar till följd av ihållande regnoväder som krävde totalt omkring 220 människoliv, den värsta väderrelaterade katastrofen i Japan på flera decennier. Fler än 4 000 människor lever fortfarande i temporära bostäder efter att ha fått sina hem förstörda.
Flygen ställts in
I staden Shobara i Hiroshima-prefekturen har myndigheterna skickat ut en evakueringsorder till omkring 36 400 personer.
– Trots att det inte har regnat här uppmanar vi människor att evakuera innan mörkret faller, säger Masaharu Kataoka, lokal tjänsteman i Shobara.
Hittills har över 370 inrikesflyg ställts in till följd av det förestående ovädret, detsamma gäller för flera färjelinjer som går mellan Tokyo och närbelägna öar.
Japan drabbas regelbundet av tropiska orkaner mellan sommar och höst.