Enligt ett brev från ministern Neda Mohammad Nadeem som skickats till landets myndigheter och privata universitet förbjuder nu talibanstyret kvinnor från att studera vid universitet.
”Ni informeras alla om att implementera den nämnda ordern om att avbryta utbildningen av kvinnor”, skriver ministern i brevet.
Beslutet ska träda i kraft omedelbart och gälla tillsvidare.
De flesta tonårsflickor i Afghanistan har inte satt sin fot i en skola sedan talibanerna tog makten i augusti i fjol. Inledningsvis kunde yngre flickor gå i skolan, men sedan mars i år har bara ett fåtal skolor för flickor kunnat hålla öppet.
Kvinnors rättigheter inskränks
Så sent som för två veckor sedan meddelade dock talibanerna att flickor i 31 av landets 34 provinser skulle få göra ett prov för att få sin studentexamen, trots att de bannlysts från klassrummen.
Talibanerna hade då antytt att de som klarar studentexamen kan ansöka till högre studier.
Sedan talibanernas maktövertagande har kvinnors rättigheter steg för steg stramats åt. Kvinnor har tvingats att bära heltäckande klädsel och förbjudits att besöka parker, gym och nöjesparker. De får heller inte resa längre sträckor utan manligt sällskap. Många har tvingats sluta förvärvsarbeta.