Avslöjandet gjordes av Der Spiegel som stödjer sig på dokument som hittades i en soptunna. Bland papperen fanns detaljerade uppgifter om de anställdas hälsa och personliga förhållanden.
Lidl, som har 53.000 anställda i Tyskland, skakades förra året av en liknande skandal. Den kostade företaget 16 miljoner i böter.