Fler än tusen människor bevittnade när fem personer turades om att ge de två männen piskslag över ryggen medan de stod på en scen inför folkhavet, rapporterar AP.
Dömda till 85 piskrapp
De två männen, som uppges vara i 20-årsåldern, greps vid ett tillslag i mars efter att ha hyrt ett rum, och dömdes förra veckan i en Sharia-domstol till 85 piskrapp vardera för att ha haft sex varandra.
Aceh är den enda provinsen i Indonesien som utövar Sharia-lagar och där homosexualitet är olagligt.
LÄS MER: Räd mot gayklubb – över 140 gripna i Indonesien
New York-baserade Human Rights Watch kallade straffet tortyr som bryter mot internationella lagar, och uppmanade den indonesiska presidenten Joko Widodo att ingripa.
Vittnen stöttade tortyr
Men inget gjordes för att bryta den offentliga tortyren och många i publiken hejade på medan männen tog emot piskrappen.
– Det de har gjort är som ett virus som kan skada människors moral, sa en kvinnlig universitetsstudent som bevittnade händelsen.
Det här är första gången homosexuella straffats med piskrapp till följd av Sharia-lagar i provinsen.