Resultaten visar att 66,9 procent av de röstande nu vill att Danmark deltar fullt ut i unionens försvarssamarbete.
– I kväll har Danmark sänt en viktig signal. Till våra allierade i Europa, till Nato och till (Rysslands president Vladimir) Putin, säger statsminister Mette Frederiksen (S) i kommentar när 95 procent av rösterna räknats och ja-sidans seger stod klar.
– Vi visar, att när Putin invaderar ett fritt land och hotar stabiliteten i Europa, då sluter via andra oss samman, fortsätter hon.
”Historiskt val”
Beskedet om att Danmark nu kommer delta i det europeiska försvarsarbetet mottogs med öppna famnen från EU:s kommissionsordförande Ursula von der Leyen och rådsordförande Charles Michel.
”Ett starkt budskap”, skriver von der Leyen på Twitter och Michel konstaterar att ett ”historiskt val” har gjorts.
Klockan åtta på onsdagsmorgonen öppnade vallokalerna och runt 4,2 miljoner röstberättigade danskar fick möjlighet att säga sitt om det danska förbehållet.
– Jag röstar ja verkligen med hjärtat denna gång, för jag anser att det är det rätta för Europa och för Danmark, och för vår framtid, sade Mette Frederiksen, enligt Danmarks Radio, när hon röstade i Værløse, nordväst om Köpenhamn.
I folketinget har det funnits ett massivt stöd för att ta bort försvarsundantaget. Av partierna i parlamentet är det endast rödgröna Enhedslisten samt de två invandringskritiska partierna Dansk Folkeparti och Nye Borgerlige som säger nej.
Det var tredje gången som det danska folket röstade om att ta bort ett av de totalt fyra EU-förbehåll som Danmark har haft sedan 1993.
Nobbade euron
Danskarna gav tummen ned till att införa euron 2000 och 2015 blev det nej till att ersätta förbehållet inom rättsområdet med en så kallad tillvalsordning.
En som röstade ja är Nina Davidsen från norra Jylland. Rysslands invasion av Ukraina har spelat in i hennes ställningstagande.
– Jag tänker att det kommer att göra att Europa står starkare. Vilket blir nästa land de angriper? frågar hon sig.
Søren Harrig Pedersen kryssade dock i nejrutan.
– Vi har tillräckligt med militär i Europa och vi har Nato, säger han.
Bornholmarna Marianne och Flemming Olsen vill att Danmark fördjupar sitt EU-samarbete.
– Det känns tryggt att stå starka tillsammans och vara i en gemenskap, säger Marianne Olsen.