En sovsal sattes i brand och ett matförråd plundrades när skolan i Mpondwe, nära gränsen till Kongo-Kinshasa, attackerades sent i fredags kväll.
Dödssiffran har stigit till minst 41 från 25 som tidigare meddelats av polisen, uppger ugandiska medier på lördagen.
38 skolelever döda
Minst 38 av dödsoffren är skolelever, enligt Mpondwes borgmästare Sevelest Mapoze. Även en vakt och två personer som befann sig utanför skolan uppges ha dödats i attacken.
Skolan har elever i åldrarna 13 till 18 år, enligt CNN.
Tillståndet för åtta personer som har förts till sjukhus beskrivs som kritiskt.
IS uppges ligga bakom attacken
Den islamistiska rebellgruppen ADF, med kopplingar till terrorrörelsen IS, misstänks ligga bakom attacken. Enligt Enanga flydde gärningspersoner mot Virunga nationalpark i Kongo-Kinshasa och jagas nu av armé- och polisstyrkor.
Enligt Dick Olum, befälhavare för västra Ugandas militär, ska gärningspersonerna befunnit sig i staden två dagar innan attacken och haft span på och även besökt skolan innan dådet inträffade, rapporterar Reuters.
ADF, som ursprungligen var rebeller i Uganda, har sedan 1990-talet varit baserade i Kongo-Kinshasa. Sedan dess har de anklagats för att ha dödat tusentals civila.
I januari i år tog ADF på sig en attack i en bar i östra Kongo-Kinshasa, då minst 20 personer dödades.