Kabuga, 84, har levt under falsk identitet i en lägenhet i Asnières-sur-Seine, en av Paris nordvästra förorter. Han har varit efterlyst i 25 år, meddelar departementet.
Affärsmannen Kabuga har länge varit Rwandas mest eftersökta misstänkta brottsling. Den tidigare affärsmannen anklagas för att ha finansierat de hutumiliser som mördade omkring 800 000 människor under folkmordet 1994.
Ställs inför domstol
Gripandet banar väg för en rättsprocess med sikte på att ställa Kabuga inför Internationella brottmålsdomstolen i Haag.
Serge Brammertz, åklagare vid FN-domstolen MICT, hyllar franska myndigheters agerande.
– Gripandet av Félicien Kabuga i dag är en påminnelse om att de som är ansvariga för folkmord kan ställas inför rätta, även 26 år efter det att brotten begåtts, säger han.
Kabuga kommer närmast att ställas inför en domstol i Paris, skriver Reuters.